1. Стерична енергия
2. Stretching-енергия
3. Bending-енергия
4. Енергетичен член на взаимодействие Stetching-Bending
5.Торзионен потенциал
6. Ван-дер-Валсов потенциал.
7. Дипол-диполно взаимодействие
• Литература

Сумирането в първата сума се извършва по всички двойки (i, j) свързани атоми в молекулата, i < j; във втората сума - по всички тройки (i, j, k) атоми, които са свързани с поне две връзки в реда i - j - k; в третата - по всички четворки атоми, които са свързани с поне три връзки в реда i - j - k - l. Сумирането в четвъртата сума се извършва аналогично на това във втората - по всички тройки (i, j, k) атоми, които са свързани с поне две връзки в реда i - j - k. В петата сума сумирането е по всички двойки атоми (i, j), i < j, които се намират в 1-4 положение, 1-5 положение и т.н. Това означава, че Ван-дер-Валсовите взаимодействия не се отчитат за свързани атоми (1-2 и 1-3 разположените атоми). Последната сума е по всички двойки диполи в молекулата (a, b), a < b.

Константата K_S се нарича еластичност (силова константа) на химичната връзка, и ако E_STR се измерва в Kcal / mole, а r и r₀ са в Ang (ангстрьом, 1 Ang = 10^-10 m), то размерността и е очевидно в Kcal / (mole Ang²). Ако молекулата е съставена от два атома и не се отчитат другите видове взаимодействия, параметърът r₀ може да се приеме за равновесната дължина на химичната връзка: в този случай E_MMX = E_STR, а енергията има минимум за r = r₀, който очевидно по уравнение (1.2) е равен на нула. При наличие на другите енергетични членове, дължината на връзката за която E_MMX има минимум е различна от r₀, и ето защо последният параметър само условно може да се нарече равновесна дължина на химичната връзка.

При големи отклонения на r от r₀ обикновенно се използва само квадратичния член във формула (1.2)

с цел да не се получават отрицателни стойности. Членът от трета степен по (r - r₀)

се добавя в краен етап на изчисленията, когато |r - r₀| < 0.5, при което винаги имаме E_STR> 0.0.

Параметрите K_S и r₀ са табулирани в отделен файл, използван от програмата PCModel. Те са определени за всяка двойка валентни състояния на атомите. Стойностите на тези параметри в полето MMX (1986 г.) могат да се видят тук.

!  свободните електронни двойки към кислородните, азотните и др. атоми се разглеждат в полето MMX на програмата PCModel като отделен "атом" (# 20), при което разстоянието между тях и съответния атом също се варира.

Константата K_B се нарича силова константа на валентния ъгъл, и ако E_BND се измерва в Kcal / mole, а q в grad (градуси), то размерността и е очевидно в Kcal / (mole.grad²). Параметърът q₀ може да се приеме за равновесната стойност на валентния ъгъл, ако молекулата е съставена от три атома (X-Y-Z) и се отчитат само стретчинг и бендиг взаимодействията (E_STR и E_BND); в този случай E_MMX = E_STR + E_BND, и енергията има минимум при едновременно изпълнение на r = r₀ и q = q₀. За молекули с повече от три атома се отчитат и останалите енергетични членове (торзионните потенциали, дипол-диполни, стретчин-бендиг и Ван дер Валсовите взаимодействия), и тогава стойността на валентния ъгъл за която E_MMX има минимум е различна от q₀: ето защо последния параметър само условно може да се нарече равновесна стойност на валентния ъгъл.

Параметрите K_B и q₀ са табулирани в отделен файл, използван от програмата PCModel. Те са определени за всяка тройка валентни състояния на атомите. Стойностите на тези параметри в полето MMX (1986 г.) могат да се видят тук.

! свободните електронни двойки към кислородните, азотните и др. атоми се разглеждат в полето MMX на програмата PCModel като отделен "атом" (# 20), при което валентният ъгъл "с тяхно участие" също се варира.

С w (в rad) е означен диедричният ъгъл, образуван от четирите атома.

Параметрите V_k са табулирани в отделен файл, използван от програмата PCModel. Те са определени за всяка четворка валентни състояния на атомите. Стойностите на тези параметри в полето MMX (1986 г.) могат да се видят тук.

! свободните електронни двойки към кислородните, азотните и др. атоми се разглеждат в полето MMX като отделен "атом" (# 20), при което диедричният ъгъл "с тяхно участие" също се варира.

r_A, r_A0 и r_B, r_B0 са дължините на връзките между атоми i, j и j, k и техните "равновесни" стойности, q и q₀ е валентният ъгъл между връзките и неговата "равновесна" стойност. K_S-Bе параметър, който се определя не за всяка отделна тройка атоми, а по следния начин:

• E_S-B(i, j, k) = 0.120 Kcal/(mole.grad.Е), ако j е от втори период на периодичната система и i, k не са водородни атоми;
• E_S-B(i, j, k) = 0.250 Kcal/(mole.grad.Е), ако j е от втори период на периодичната система и поне единият от i, k е водороден атом;
• E_S-B(i, j, k) = 0.090 Kcal/(mole.grad.Е), ако j е от трети период на периодичната система и i, k не са водородни атоми;
• E_S-B(i, j, k) = -0.400 Kcal/(mole.grad.Е), ако j е от трети период на периодичната система и поне единият от i, k е водороден атом;

Обиковенно потенциалната функция на взаимодействие се апроксимира с т.н. 6-12 или 6-exp потенциали:

където a, b, и съответно c, d и f са параметри, които се нагласяват емпирично, така че разстоянието между атомите, за които потенциалът има минимум и дълбочината на този минимум да съответстват на експерименталните данни. Първите части и в двете формули съответстват на силите на отблъскване, докато вторите - на силите на привличане.

В полето MMX Ван-дер-Валсовото взаимодействие между два атома i, j се представя със следната потенциална функция:

където P е отношението на сумата от Ван-дер-Валсовите радиуси на взаимодействащите си атоми и разстоянието между тях: P = (r_i + r_j) / r_i,j. Ако се замести P в израза (1.6) ще се получи формула от вида E_VDW = a r^-6 - b exp(-c r) - следователно в ММХ полето се използва 6-exp потенциал.

От израза за изчисляване на P се вижда, че се използват параметри на отделните атоми - техните Ван-дер-Валсовите радиуси, r_i. С цел намаляване на параметрите, също и константата K_VDW се представя като комбинация (средно геометрично) от отделни атомни параметри, e_i, наречени еластичности на атомите:

Параметрите e_i и r_i са табулирани в отделен файл, използван от програмата PCModel. Те са определени за всяко едно валентно състояние на атомите. Стойностите на тези параметри в полето MMX (1986 г.) могат да се видят тук.

! водородният атом в свързано състояние има само една електронна двойка около себе си, и тя е предимно изтеглена по дължината на връзката. Това изтегляне значително измества областта, която е заета от сферата, определена от неговия Ван-дер-Валсов радиус. Ето защо, преди изчисленията по формула (1.6), положението на водородните атоми в молекулата се преизчислява, като тези атоми се преместват по направлението на връзката, към атомите, към които те са свързани. Съответно, X-H връзките се скъсяват с коефициент 0.915.

За два дипола с номера a, b енергията на взаимодействие между тях се дава със следния израз:

където m_a и m_b са съответните частични диполни моменти по връзките, а r_a,b е разстоянието между центровете на диполите. D е така наречената диелектрична константа и нейната стойност няма никаква връзка с константата за кое да е вещество: нейната стойност е нагласена емпирично на D = 1.50, с цел добро съгласуване на оптимизираните геометрични параметри на молекулата с експерименталните. Ъглите в cos() функциите са показани на следната рисунка:

! величините m_a и m_b нямат нищо общо със някакви експериментално измеряеми подобни стойности. По принцип е възможно измерването на диполния момент на неутрална молекула, но не и отделни негови съставящи по химичните връзки. Стойностите, които са параметризирани за полето MMX, дават добро възпроизвеждане на дипол-диполното взаимодействие, и освен това, събрани векторно след оптимизиране на геометрията дават много добро възпроизвеждане на диполния момент на молекулата.